文 / 利刃君

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全文共1529字，推荐阅读时间4分钟。

PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：高质量科学论文发表图形、动画制作、文档文件和会话文件并存、鼠标操作与命令行操作、免费的开放源码。

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

今天利刃君为大家带来的是Pymol 2.4版本的软件以及安装教程。（资源由文末获取）

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下载Anaconda

利刃君为大家提供的是适用于Windows 64系统的安装程序，如需其他系统的，可以自行至下面网址下载：
https://www.anaconda.com/download/

下面为网站截图，大家可根据自己电脑系统选择下载。

新手建议选择Python 3.6 Version，如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件，建议选用Python 2.7 Version，后续设置环境变量。

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安装Anaconda

双击下载好的Anaconda应用程序即可安装。安装过程中可以修改安装路径，最好设置为英文文件夹，不要出现汉字。

建议新手在选项页面打钩。（熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选，安装完后手动设置会更好。）

安装时间较长，请耐心等待。

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下载python

利刃君为大家提供的pymol版本，需要python 3.7，双击“python-3.7.3-amd64”即可安装，如需其他版本，大家也可从以下链接进行下载：
https://www.python.org/downloads/windows/

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下载pymol

利刃君为大家准备的是最新版的pymol 2.4，有其他版本需求的小伙伴可以复制以下链接获取：
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

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-伍-

安装Pymol

首先在下载了
pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl的文件夹中，按住Shift键点击鼠标右键，点选“在此处打开Powershell窗口”。

其次，在命令行输入“pip install pmw”，点击回车。

然后在命令行输入“pip install
pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl”

随后，我们便可看到有成功安装的提示，最后，进入Anaconda的安装目录，找到Anaconda3\Scripts文件夹，里面有pymol.exe执行文件，做一个快捷方式放桌面吧！

下面便是打开的软件界面啦！

利刃君这里从PDB数据库里下载一个Bcl-xL蛋白的晶体结构，PDB编号为6RNU，用Pymol打开，如下图。

随后，我们对蛋白进行改变显示方式及颜色、去除背景、改变图片分辨率等简单处理，得到了下图。

以上就是完整版的Pymol安装流程啦，之后利刃君会不定期的更新Pymol的作图教程，大家可以留意一下文章更新哟~

资源获取方式

1.点击头像，添加关注；

2.点击头像，私信关键词：034 （注意关键词不要多字少字，否则后台无法识别）

就可获取这款分子模拟作图软件Pymol啦~