你还在用Pandas处理大量数据?我发现了一个省时省事的工具:Dask
itomcoil 2025-01-04 20:23 21 浏览
Pandas不具有多处理支持,并且对于较大的数据集来说,速度非常慢。 现在有一个更好的工具可以使这些CPU内核正常工作!
在性数据分析方面,Pandas是最好的工具之一。但这并不意味着它适用于所有任务(比如说大数据处理)。在日常的工作中,我们往往要花很长时间等待Pandas读取文件或等待计算结果。
最近,我发现了一个新工具,能快速处理大量的数据,比如读取多个包含10G数据的文件,对它们应用过滤器并进行聚合。当我完成繁重的处理后,我将结果保存到一个较小的“pandas-friendly”CSV文件中,并继续在pandas中进行探索性数据分析。
本文中的例子将在Jupyter Notebook中进行演示,还没安装的同学记得先安装好。
认识Dask
Dask为数据分析提供了高级并行性,从而为你喜欢的工具提供了大规模的性能。 其中包括numpy,pandas和sklearn, Dask是开源而且免费的, 它使用现有的Python API和数据结构来简化在Dask支持的等效项之间切换。
Dask能让简单的事情变得更加容易,也能让复杂的事情变成有可能。
Pandas vs Dask
在我的日常工作中,经常需要分析一大堆文件,我来模拟一下每天的工作:创建10个包含10万个条目的文件(每个文件有196 MB)。
from sklearn.datasets import make_classification
import pandas as pd
for i in range(1, 11):
print('Generating trainset %d' % i)
x, y = make_classification(n_samples=100_000, n_features=100)
df = pd.DataFrame(data=x)
df['y'] = y
df.to_csv('trainset_%d.csv' % i, index=False)
现在,让我们用Pandas读取这些文件并估算时间,Pandas没有本地的glob支持,因此我们需要循环读取文件。
%%time
import glob
df_list = []
for filename in glob.glob('trainset_*.csv'):
df_ = pd.read_csv(filename)
df_list.append(df_)
df = pd.concat(df_list)
df.shape
Pandas花了16秒读取文件。
CPU times: user 14.6 s, sys: 1.29 s, total: 15.9 s
Wall time: 16 s
现在我们可以想象一下,如果这些文件再多100倍的话:可能连Pandas都看不懂了!
Dask可以通过将数据分成块并指定任务链来处理不适合内存的数据,我们可以估算一下Dask需要多长时间来加载这些文件。
import dask.dataframe as dd
%%time
df = dd.read_csv('trainset_*.csv')
CPU times: user 154 ms, sys: 58.6 ms, total: 212 ms
Wall time: 212 ms
Dask仅需154毫秒,用时这么短?这是因为Dask执行了延迟模式,它会在需要的时候执行计算。我们需要先定义执行图,这样Dask就可以根据任务来优化执行。我们来重复一下这个实验,Dask的read-csv函数以glob为本机函数。
%%time
df = dd.read_csv('trainset_*.csv').compute()
CPU times: user 39.5 s, sys: 5.3 s, total: 44.8 s
Wall time: 8.21 s
compute函数会强制Dask返回结果,这样Dask读取文件速度就是Pandas的两倍!
Dask能在本地对Python进行扩展。
Pandas与Dask的CPU使用率
让我们在读取文件时比较pandas和Dask之间的CPU使用情况:代码与上面相同。
上图可以看出,pandas和Dask在读取文件时在多处理方面的差异非常明显。
背后发生了什么?
Dask的数据帧由多个pandas数据帧组成,这些数据帧按索引进行拆分。当我们用Dask执行read_csv时,多个进程读取一个文件。
我们可以来可视化执行图。
exec_graph = dd.read_csv('trainset_*.csv')
exec_graph.visualize()
Dask的缺点
你可能会想,如果Dask这么牛,为什么不一起抛弃Pandas。 当然不可能那么简单,只有来自pandas的某些功能才能移植到Dask上执行。有一些很难并行化,例如排序值和在未排序的列上设置索引。 Dask不是灵丹妙药-仅在不适合主存储器的数据集上,才建议使用Dask。 由于Dask是建立在Pandas之上的,因此Pandas响应速度慢,而Dask则行动缓慢。 就像我之前提到的,Dask是数据管道过程中的有用工具,但它不能替代其他库。
建议只对不适合主内存的数据集使用Dask。
如何安装Dask?
要安装Dask,只需运行:
python -m pip install "dask[complete]"
一行代码就能安装整个Dask库。
最后
在这篇文章中只触及了Dask库的表面知识。如果你想更深入地了解Dask,应该去学习Dask教程DataFrame文档。
--END--
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