VMD是一款非常小而精致的可视化工具，也是业界非常常用且功能强大的分子动力学可视化软件。
下载：
安装：
把下载得到的安装包vmd-2.0.0a4.bin.LINUXAMD64.tar.gz上传到服务器或者是win 11的wsl子系统，然后进行解压：
tar xzvf vmd-2.0.0a4.bin.LINUXAMD64.tar.gz
cd vmd-2.0.0a4
然后打开configure，修改下面两行，注意xxx需要替换为自己的实际安装路径：
$install_bin_dir="/home/xxx/vmd-2.0.0a4/bin";
$install_library_dir="/home/xxx/vmd-2.0.0a4/lib/$install_name";
然后执行下面操作进行编译：
./configure LINUXAMD64
cd src
make install
环境变量设置：
在$HOME/.bashrc文件中加入下面内容，注意xxx需要替换为自己的实际安装路径：
export PATH=/home/xxx/vmd-2.0.0a4/bin:$PATH
然后source .bashrc，此时运行vmd一般来说均可正常运行。
运行测试：
在命令行输入下面命令运行VMD，可以弹出界面窗口
vmd
WSL子系统遇到问题的可能解决方案：
在Ubuntu子系统中缺少libGL.so.1、libXinerama.so.1、libXi.so.6三个库，需要安装：
sudo apt install mesa-utils libxinerama-dev libxi6
确保Xming已经运行，.bashrc已经加入:
export DISPLAY=localhost:0.0